Die Ouran-Akademie ist eine angesehene Privatschule in Japan, deren Schüler daher fast ausschließlich aus Familien der Oberschicht kommen. Von dieser Regel wird nur einmal pro Jahr eine Ausnahme gemacht: Die besten Teilnehmer einer ungemein schweren Aufnahmeprüfung erhalten ein Stipendium, allerdings unter der Voraussetzung, fortwährend der Beste der jeweiligen Klasse zu sein. Unter diesen Stipendiaten befindet sich die 15 Jahre alte Haruhi Fujioka. Haruhi stammt aus der Mittelschicht und interessiert sich, im Gegensatz zu ihrer Mittelschulzeit, viel mehr für Bildung und gute Noten als für irgendwelche Äußerlichkeiten; dank ihrer kurzen Haare, der schlabbrigen Kleidung und einer Brille, die einst ihrem Großvater gehörte, wird sie von den meisten sogar als Junge wahrgenommen. So ergeht es auch fast allen Mitgliedern des sogenannten Ouran-Host-Clubs, als sich Haruhi in deren Clubraum verirrt.
Yugo Hachiken will nicht länger bei seiner Familie leben und beschließt deshalb, auf eine Landwirtschaftsschule zu wechseln, in der die Schüler dazu verpflichtet sind, in Wohnheimen zu leben. Im Vertrauen auf seine akademischen Fähigkeiten sieht er in diesem Schulwechsel keinerlei Problem, was sich allerdings schnell als falsche Annahme herausstellt. Aufgewachsen als sorgenfreies Stadtkind, wird er nun mit der nicht ganz so bequemen Realität der Landwirtschaft konfrontiert und es zeigen sich schnell die Unterschiede zwischen ihm und seinen neuen Freunden, welche als zukünftige Erben von Bauernhöfen schon längst an die harte Arbeit gewöhnt sind.
Mit Superkräften, Kampferfahrung und schicken Frisuren bestehen die wilden KO One schwierige Freundschaften und Liebesabenteuer an der Schule.