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Drei junge Ärzte sollen Bewohner im brasilianischen Pantanal gegen einen Virus impfen und sind schon bald in einer abgeschirmten Welt voller Geheimnisse gefangen.

Nach einer globalen Finanzkrise führt die Welt einen von künstlicher Intelligenz angetrieben "Nachhaltigkeits-Krieg". Die Sektion 9 muss neue Cybergefahren abwehren.

Tokio, Ende der 1990er Jahre: Der junge Journalist Jake Adelstein (Ansel Elgort) zieht in die japanische Metropole und berichtet dort vor allem aus der Unterwelt der Stadt. Hilfe bekommt er von seinem Mentor, dem Polizisten Hiroto Katagiri (Ken Watanabe), der ihn vor allem lehrt, dass nicht alles so ist, wie es scheint.

An der Wiener Universität unterrichtet der Kriminalpsychologe Richard Brock. Früher war er Psychologe, bis sich seine Frau das Leben nahm und er aufgrund des Verdachts der Fehlbehandlung die Zulassung verlor. Ebenso verlor er das Vertrauen seiner Tochter Petra, die inzwischen aber selber für die Polizei arbeitet, von ihrem Vater aber nichts wissen will. Inzwischen hat er sich einen Ruf als besonders guter Verhörspezialist erarbeitet und wird daher bei Spezialfällen von der Polizei hinzugezogen.

Die Geschichte spielt in einem Sommer des 21. Jahrhunderts. Durch eine unbekannte Katastrophe sind in Tokios Shinjuku keine Menschen mehr. Das einzige, was zurückbleibt, sind die Donyatsuhybriden, eine Mischung aus Katze und Donut und die Bagaru, eine Mischung aus Katze und Bagel.