Magi erzählt die Abenteuer des jungen Aladdin. Dieser besitzt eine magische Flöte, mit der er den kopflosen Djinn Ugo beschwören kann. Seit sich Aladdin gewünscht hat, das Ugo sein Freund ist, begleitet er ihn auf seinen Reisen. Aladdins Ziel ist es, das Geheimnis um seine Identität zu ergründen, über die er so gut wie nichts weiß. Außer Ugo helfen ihm bei seinen Abenteuern noch viele andere Freunde, die er während seiner Reisen kennenlernt.
Die Suche nach dem Mörder ihres Vaters führt die Schülerin Ryuuko, Trägerin eines scherenförmigen Schwerts, zur Honnouji Akademie, die unter dem gnadenlosen Regime der Schulsprecherin Satsuki steht. Um die Wahrheit zu erfahren, muss sie es mit Eliteschülern aufnehmen, deren spezielle Schuluniformen ihnen übernatürliche Macht verleihen. Ryuuko bleibt nichts anderes übrig, als selbst in eine solche Uniform zu schlüpfen und Kräfte zu entfesseln, von denen sie nie zu träumen wagte.