In der fernen Zukunft verlassen die Menschen die verwüstete Erde und ziehen in die obere Welt namens "Tenjo" um. Aber Tenjo und das Gesetz der Kausalität brechen durch einen Krieg zusammen und die Menschen kehren wieder auf die Erde zurück, die sich in einen unbewohnbaren Planeten verwandelt hat. Es gibt jedoch den "Shinshu-Bereich", doch dieser ist zu klein, um all die Menschen unterzubringen, sodass die Menschen die Region dupliziert haben und die "Juso Sekai" in einer parallelen Welt erschaffen haben. Um Tenjo und das Gesetz der Kausalität wiederherzustellen, beginnt die Menschheit die Geschichte 10.000 v. Chr zu reproduzieren. Im Jahr 1413 n. Chr. bricht ein Krieg in Shinshu aus und Juso Sekai fällt auf die Originalwelt und die Apokalypse droht.
Toshukan Sensou erzählt die Geschichte von Iku Kasahara, die erste Frau, die sich der »Library Task Force« anschließt. Ein neues Gesetz der »Media Enhancement Law« zwingt die Bürger, Bücher und Medien zu zensieren. Und um dem entgegenzuwirken, wurde die »Library Defense Force« gegründet und um sich und die Medien vor der »Media Enhancement Law Comission« beschützen zu können, werden alle größeren Bibliotheken mit Waffen versorgt. Erzählt wird die Geschichte von Iku, wie sie und ihre Kameraden versuchen wertvolle Bücher zu verteidigen.
Der junge Schüler Yugi Muto erhält ein altes ägyptisches Puzzle, das bislang niemand zusammensetzen konnte. Doch beim Versuch, dieses zu lösen, verändert sich sein ganzes Leben: Denn als er dieses sogenannte „Millenniumspuzzle“ zusammensetzt, weckt er den Geist eines alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde und mit dem er nun einen Körper teilt. Mit Hilfe des Kartenspiels „Duel Monsters“ versuchen Yugi und Pharao Yami, dessen verlorenes Gedächtnis wiederherzustellen. Das „Millenniumspuzzle“ ist jedoch nur einer von insgesamt sieben „Millenniumsgegenständen“, welche ihrem Besitzer unendliche Macht versprechen.