Die Suche nach dem Mörder ihres Vaters führt die Schülerin Ryuuko, Trägerin eines scherenförmigen Schwerts, zur Honnouji Akademie, die unter dem gnadenlosen Regime der Schulsprecherin Satsuki steht. Um die Wahrheit zu erfahren, muss sie es mit Eliteschülern aufnehmen, deren spezielle Schuluniformen ihnen übernatürliche Macht verleihen. Ryuuko bleibt nichts anderes übrig, als selbst in eine solche Uniform zu schlüpfen und Kräfte zu entfesseln, von denen sie nie zu träumen wagte.
Hasegawa Kodaka ist neu an der Schule und tut sich schwer dabei, Freunde zu finden. Verschärft wird sein Problem dadurch, dass man ihn aufgrund seiner blonden Haare für einen Schläger hält. Eines Tages stört er seine missmutige, eigenbrötlerische Klassenkameradin Yozora bei einer Unterhaltung mit ihrer imaginären Freundin Tomo. Sie stellen fest, dass keiner von beiden echte Freunde hat, und beschließen zur Abhilfe einen Klub zu gründen, in dem sich Leute wie sie zusammenfinden. So entstand "Rinjinbu", ein Klub speziell für Leute, die wenig Freunde haben. Mit der Zeit treten immer mehr einsame Mitschüler dem Klub bei und lernen dort, wie man durch gemeinsames Kochen, Spiele spielen und andere Gruppenaktivitäten Freundschaften schließt. Doch ergeben sich durch diese Ansammlung an sozial unerfahrenen Teenagern auch allerlei Probleme.