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Nachdem sie ihren größten Feind Shredder in die Schranken gewiesen haben, leben sich die vier Ninja-Turtles zunehmend auseinander. Als der Großindustrielle Max Winters damit beginnt, eine Armee von Monstern um sich zu scharen, muss Meister Splinter seine Schützlinge Donatello, Raphael, Michelangelo und Leonardo wieder vereinen, um nicht nur New York, sondern die ganze Welt zu retten.

In New York ist eine Bande krimineller Jugendlicher, angeführt von dem japanischen Ninja-Meister Shredder, durch ihre ständig wachsende Mitgliederzahl so einflussreich geworden, dass die Polizei kaum noch Macht über die Lage hat. Die einzigen, die dem Chaos Einhalt gebieten können, sind 4 mutierte Schildkröten, die dank der weisen Ratte Splinter, ebenfalls ein Mutationsprodukt, über hervorragende Ninjitsu-Kenntnisse verfügen. Bei ihren Kampfeinsätzen für das Gute machen die grünen Helden eines Tages sogar persönliche Bekanntschaft mit ihrem größten Schwarm, der Reporterin April O’Neil. Diese lang ersehnte Erfahrung bringt leider auch einen schweren Schlag mit sich: Ihre Gegenspieler haben ihr Versteck in der Kanalisation ausfindig gemacht und Splinter entführt...

Nachdem Doc Brown am Ende des ersten Teiles Marty mit in die Zukunft genommen hat, sieht er nun selbst, was aus ihm werden wird - ein abgehalfterter Angestellter, der am Ende der Karriereleiter steht.Marty und Doc Brown versuchen, der Zukunft einen kleinen Schubser in die richtige Richtung zu geben. Doch Biff gibt seiner eigenen Zukunft durch einen Fehler Martys eine neue Wendung - und dieser Fehler muß nun ausgebügelt werden...

Los Angeles in den 90er Jahren: Der 13-jährige Stevie wächst in einer Zeit auf, in der Skateboarden als sportliche Revolution gilt und Jungs mit Mixtapes ordentlich Punkte bei ihrer Angebeteten machen können. Wenn er sich nicht gerade mit seiner alleinerziehenden Mutter Dabney zofft, zockt er mit seinen Freunden „Street Fighter II“ und hört die Musiksammlung seines großen Bruders rauf und runter. Als sich Stevie mit den Jungs vom örtlichen Skaterladen anfreundet, eröffnet sich ihm mit verbotenen Partys, Mädchen-Bekanntschaften, Ärger mit der Polizei und natürlich Skaten eine völlig neue Welt. Obwohl der etwas ältere Ruben und seine Kumpel aus dem Skateshop alles andere als ein guter Umgang für Stevie sind, befreit er sich durch diese Bekanntschaft aus der Umklammerung seiner Mutter und der Tyrannei seines brutalen Bruders, und fühlt sich fortan unbesiegbar. Doch irgendwann bekommt die Illusion Risse und er stellt fest, dass auch seine neuen Idole Fehler machen und hinfallen …

1986: Die beiden Teenager Harry und Lloyd sind ein unzertrennliches Duo. Ihr erstes Jahr an der Highschool hätte so schön werden können, wären da nicht Schuldirektor Collins und die „Cafeteria-Tante“ Ms. Heller, die nicht nur ein rein berufliches Verhältnis pflegen. Um sich zur Ruhe setzen zu können, klügelt Collins einen fiesen Plan aus - mit dem Ziel, die Schulbehörde um 100.000 Dollar zu erleichtern. Es soll an der Schule eine Förderklasse für besonders Bedürftige eingerichtet werden, um die entsprechenden Fördergelder abkassieren und schlussendlich in ein Reihenhaus in Waikiki investieren zu können. Und welche besseren Bauernopfer sollte es geben als Harry und Lloyd? Zum Glück stellt sich die ehrgeizige Schulzeitungsredakteurin Jessica dem fiesen Vorhaben des Rektors entgegen...